O Ecumenismo é uma das linhas transversais que caracteriza a proposta de formação do CESEEP. O Curso de Ecumenismo procura responder teológica e biblicamente a essa identidade do CESEEP, através do diálogo ecumênico e inter-religioso. É organizado em parceria com outros organismos ecumênicos de longa trajetória e reconhecida experiência, como CLAI, MOFIC e KOINONIA, com apoio do CONIC. Ao finalizar o curso os participantes receberão CERTIFICADO de Extensão Universitária, outorgado pela Pontifícia Universidade Católica de São Paulo/ PUC-SP e reconhecido pelo Ministério de Educação e Cultura (MEC) do Brasil.